1. מים טהורים במיוחד קל לזיהום על ידי הסביבה לאחר נטילת מים, ולכן השיטה לנטילת מים לפני השימוש (כלומר לקחת אותם ולהשתמש בהם) היא המתאימה ביותר. רק על ידי קיצור הזמן בו מים אולטרה-טהורים נמצאים במגע עם הסביבה נוכל להשיג מים אולטרה-טהורים עם טוהר גבוה במיוחד.
2. בעת קביעת התצורה של ריאגנטים כימיים בעלי טוהר גבוה, נסה לא להשתמש במים אולטרה-טהורים המאוחסנים בדלי האחסון במשך זמן רב, מכיוון שדלי האחסון יגרום להידרדרות באיכות המים עקב זיהומים וזיהום מיקרוביאלי לאחר שימוש ארוך טווח. מים צמחיים אינם עוד מים טהורים במיוחד כאשר משתמשים בהם.
3. דלי אחסון המים הטהורים צריך להיות מצויד במסנן אוויר למניעת זיהום מים הנגרם על ידי גורמים סביבתיים.
4. אל תניח את דלי אחסון המים באור שמש ישיר. עליית טמפרטורת המים תגרום בקלות להתרבות של מיקרואורגניזמים. במיוחד דליים לאחסון מים שקופים למחצה יגרמו להתרבות אצות בגלל אור השמש.
5. בעת נטילת מים אולטרה-טהורים, הקפד לשחרר את הקולחין הראשוני לקבלת איכות מים יציבה.
6. כאשר לוקחים מים, תנו למים הטהורים במיוחד לזרום לאורך דופן הצד של המכולה, ונסו לא להתרחש בועות אוויר, מה שיכול להפחית את זיהום האוויר.
7. אנא אל תחבר את הצינור לאחר מסנן המסוף, השתמש בשיטה של צריכת מים ישירה להשגת מים טהורים במיוחד עם טוהר גבוה.
8. כאשר לא משתמשים במים הטהורים במשך זמן רב, יש לנקז את כל מי ה- RO בדלי אחסון הלחץ בכדי למנוע זיהום.
9. אם לא משתמשים במכונת המים הטהורים במיוחד במשך זמן רב, יש להזרים את המים הטהורים הראשוניים לחלוטין כאשר משתמשים בהם שוב על מנת להבטיח את איכות המים.
10. באופן עקרוני, יש להשקות את מטהר המים לפחות אחת ל-7-10 ימים כדי למנוע זיהום מיקרוביאלי.
